تأسست "دائرة الموانئ البحرية والجمارك" بموجب مرسوم الجمارك لعام 1976، المتضمن قانون ونظم العمل الجمركي عند المنافذ البرية والجوية والبحرية لإمارة الشارقة، الإمارات العربية المتحدة.
وهي الدائرة المسؤولة عن كل ما يخص جمارك وموانئ الإمارة، وتهدف إلى جذب المستثمرين وحماية المنتج المحلي والتصدّي لعمليات التهريب في المنافذ البرية والبحرية والجوية، وتختص في الحماية من التهريب ضمن الحدود الإدارية لإمارة الشارقة، وتحصيل الإيرادات عن السلع الخاضعة للرسوم الجمركية، ومكافحة تهريب المخدرات والكشف عنها، وحماية الملكية الفكرية، وحماية منافع المستهلكين، وحماية وتسهيل التجارة الشرعية عبر المنافذ الحدودية، والوفاء بالالتزامات الوطنية في مجال تطبيق القوانين والنظم الجمركية الاتحادية للإمارات و"مجلس التعاون لدول الخليج العربية"، كما تعمل الدائرة على تقديم أعمال خدمية وتشغيلية في مجال تنظيم حركة السفن القادمة والمغادرة من وإلى الموانئ البحرية الخاصة بإمارة الشارقة، وإرشاد السفن، وتفريغ وتحميل السفن بكافة البضاع المختلفة.
وتضم الدائرة مراكز جمركية منتشرة في مختلف أرجاء الإمارة، 4 منها مرتبط بالموانئ والمنافذ البحرية للإمارة، وهي: "مركز جمارك ميناء خالد"، و"مركز جمارك الخور"، و"مركز جمارك الحمرية"، و"مركز جمارك خورفكان"، بالإضافة إلى مراكز جمركية ترتبط أعمالها مع نشاطات "مطار الشارقة الدولي"، وهي: "مركز جمارك الركاب بمطار الشارقة الدولي" و"مركز جمارك الشحن الجوي بمطار الشارقة الدولي" و"مركز جمارك المنطقة الحرة بالمطار"، إلى جانب مركز جمركي بري على الحدود الفاصلة بين الإمارات وعُمان، وهو "مركز جمارك خطم الملاحة"، ومركزيين جمركيين آخرين "مركز جمارك البريد"، و"مركز جمارك الحاويات".